제가 일본에 거주하다가 사정상 한국에 귀국해야 할수도있는데 여자친구가 일본에 거주해서 단기여행 비자가 90일간인데 3개월 같이있다가 다시 귀국했다가 3개월간 또 같이있고 이렇게해도 되나요?

단기여행은 비자가 면제되기에 정확히는 무비자입니다.

무비자로 여행시 최대 90일을 머물 수 있고

1년에 총 180일을 머물 수 있으니까

90일 지내시고 일단 한국에 귀국한 후

다음 날 다시 일본 가서 90일 지내시고 한국 귀국

이렇게 하시면 됩니다.